南京火车站是南京七大火车站之一，也是南京的客运枢纽站之一，有南京站、南京南站、南京西站、南京北站以及南京东站，总共5个火车站进站停靠。而南京主要火车站依旧是南京站和南京南站。
南京站，又称夫子庙站，位于南京市白下区南京站街和科技路中路口，是中国火车站之一，南京火车站总站，是南京的交通枢纽之一，全国铁路网中东南地区铁路枢纽，也是江苏省和南京市最重要的铁路枢纽之一，每天有100多趟列车停靠。
南京南站，是位于南京市雨花台区将军大道1号的中国铁路南京南站，是南京市客流量第二大的综合交通枢纽，也是中国铁路总公司和中日韩三国铁路有限公司共建的中日韩通道沿线重点枢纽站之一，主要承担北京上海高速铁路、京沪铁路、沪宁城际铁路、南京轨道交通1号线（地铁）、S1线等多条铁路和城市轨道交通线路的通达功能。
南京西站、南京北站和南京东站相对来说客流量会比南京站和南京南站要小一些，但也有很多的旅客选择在这些车站体验乘坐火车之旅。